Lo más probable es que haya sido Windows con una de sus actualizaciones automáticas.

Muchas veces si dejas el ordenador encendido por la noche Windows decide de forma unilateral que es un buen momento para aplicar alguna actualización y reiniciar el PC automáticamente.

A mí esto también me ha pasado alguna vez así que ahora, antes de dejar el ordenador por la noche con Nebulb trabajando, intento verificar siempre que no haya ninguna actualización de Windows pendiente de aplicar.